L'Angleterre est envahie par les vampires. Ils perpétuent des massacres chez les humains pour se nourrir et se défouler, puis transforment leurs victimes en zombies, de nouveaux monstres avides de meurtres. Les forces de l'ordre classiques ne sont pas à la hauteur devant de tels phénomènes mais une organisation ancestrale existe pour faire face à la menace. Depuis des générations, ses membres pourchassent et combattent les vampires. Il s'agit du Royal prostestant Knight Hellsing, avec à sa tête, la descendante du fondateur de l'ordre, Intégra Wingates Hellsing.

Elle s'appuye sur une véritable armée privée, habituée à se frotter à des monstres puissants mais son principal atout est son agent principal, Alucard, un vampire qui lui obéit et décime les autres. Il se proclame de l'essence originale et est capable de bien plus de prouesses que les vampires classiques. Là où les autres trépassent, lui s'amuse de sa puissance. La seule incongruité est le lien qui le lie à Integra.

Au cours d'une attaque de vampire, la policière Victoria Célès a été envoyée dans la gueule du loup avec tous ses collègues, qui trépassent tous. Elle parvient jusqu'au vampire mais ne réussit pas à le vaincre. Lorsqu'Alucard intervient, elle est prise en otage et touchée mortellement lors de l'assaut final pour anihiler le mauvais vampire. Pour la sauver, Alucard la transforme en vampire. Dès lors, elle devient un membre d'Hellsing et prend de plus en plus de poids, étant données ses capacités surhumaines.

Malgré l'importance des moyens mis en oeuvre, la situation se détériore passablement. Une mystérieuse puce électronique a fait son apparition dans le milieu et provoquerait la transformation spontanée d'humains en vampires. De plus, Hellsing reçoit des pressions de la part d'organisations rivales, soutenues par le Vatican. Le père Alexander, un chasseur de vampire à la solde du pape, est même allé jusqu'à défier Alucard en duel et il s'en est très bien tiré pendant les quelques passes d'armes qu'il a échangées avec le vampire. Enfin, l'oganisation Hellsing est prise directement pour cible. Non seulement des agents disparaissent mais le quartier général est victime d'un assaut en règle, tandis que dans l'ombre se profile un adversaire à la hauteur pour Alucard.